Mint látható a tünetek skálája rendkívül széles, ezért egy-egy tünet feltűnése esetén nem magától értetődő, hogy a szakembernek Candida-fertőzésre kell gyanakodnia. Bizony előfordul, hogy a pácienst valamilyen más betegséggel kezdik kezelni, és csak annak hatástalansága esetén gyanakodnak a gombás fertőzésre.
A helyes diagnózis felállítása – mint minden betegség esetén – a részletes kórelőzmény megismerésével kezdődik, magát a gombát pdig laboratóriumi vizsgálatokkal mutatják ki. Sajnos ezek sem minden esetben hoznak már az első alkalommal megbízható eredményt, mivel a tesztek az egészséges embernél is lehetnek pozitívak, a súlyos betegeknél pedig negatívak.
A feldolgozandó mintát egy vélhetően fertőzött anyagból vagy területről veszik, ez lehet széklet, vizelet, köpet, hörgőváladék, köröm és szőrszál, kaparék a bőrről vagy a szájnyálkahártyáról. A mintát ezután vagy mikroszkópos vizsgálatokkal elemzik vagy megfelelő táptalajon próbálják kitenyészteni és ezáltal azonosítani. Egy további eljárás a vérben a fertőzésekkor megjelenő antitestek mennyiségéből igyekszik megállapítani a Candida fertőzés tényét, a pontos diagnózis érdekében azonban előfordulhat ezek kombinációja, illetve a többszöri mintavétel is.